Sau Hải chiến Hoàng Sa 1974 với Việt Nam Cộng hòa và kiểm soát được phần còn lại của quần đảo Hoàng Sa, năm 1975, Hạm đội Nam Hải bắt đầu cử quân ra đảo Tri Tôn, dần dần xây dựng doanh trại (hiện đã có tòa nhà cao bốn tầng) và trồng cây cối. Để cải thiện đất nhằm tăng tỉ lệ cây sống sót, có lệ bất thành văn rằng quân nhân nào về thăm thân nhân thì khi quay lại phải mang theo một bao đất và phân bón. Qua hàng chục năm (tính đến 2012), trên đảo đã có 3.000 cây thông đuôi ngựa, trên 1.000 cây Carrierea calycina, 200 cây dừa và 2.000 m² được dây leo bao phủ.[5]

Theo trang điện tử của Đài Truyền hình Phượng Hoàng (Hồng Kông), không lâu sau Chiến tranh biên giới Việt-Trung 1979, ngày 10 tháng 4 cùng năm, Việt Nam cử ba tàu đến vị trí chỉ cách đảo Tri Tôn 500 m để trinh sát nhưng bị tàu tuần tra Trung Quốc bắt.[8]

Ngày 15 tháng 5 năm 1996, Chính phủ nước Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa ra bản tuyên bố về đường cơ sở lãnh hải, trong đó ngoài đường cơ sở để tính chiều rộng lãnh hải từ đất liền còn có "đường cơ sở của lãnh hải liền kề quần đảo Tây Sa [Hoàng Sa]",[9] từ đó đo chiều rộng của lãnh hải và vùng đặc quyền kinh tế tương ứng.[10] Trong số 28 điểm cơ sở lập thành đường này, tại đảo Tri Tôn có 7 điểm.[9]

Đầu tháng 5 năm 2014, Trung Quốc đưa giàn khoan dầu HD-981 đến hạ đặt tại một vị trí cách đảo Tri Tôn 17 hải lý về phía nam, gây ra cuộc tranh chấp Trung Quốc - Việt Nam về vấn đề giàn khoan này. Quan điểm của phía Việt Nam là phản đối vì cho rằng nơi đặt giàn khoan nằm trong vùng đặc quyền kinh tế và thềm lục địa của Việt Nam,[11] còn quan điểm của phía Trung Quốc là họ đang tác nghiệp bình thường vì nơi đặt giàn khoan nằm trong "vùng biển của quần đảo Tây Sa".[12]

Ngày 30 tháng 1 năm 2016, chiến hạm USS Curtis Wilbur của Hải quân Hoa Kỳ xâm nhập vùng biển 12 hải lý quanh đảo Tri Tôn, mục đích theo như lời của phát ngôn nhân Bộ Quốc phòng Hoa Kỳ là nhằm "thách thức các đòi hỏi hàng hải quá mức ngăn trở các quyền và tự do của Hoa Kỳ cũng như các quốc gia khác chứ không phải [thách thức] đòi hỏi lãnh thổ đối với các đảo", và rằng hoạt động này thách thức cả ba bên tuyên bố chủ quyền gồm Trung Quốc, Đài Loan và Việt Nam.[13][14] Bộ Quốc phòng Hoa Kỳ thông báo rằng chuyến hải hành của chiến hạm này phù hợp với luật pháp quốc tế khi bảo vệ tự do hàng hải. Trung Quốc cho đó là hành động khiêu khích, vi phạm pháp luật Trung Quốc vì đã xâm nhập lãnh hải mà không xin phép trước.[14]